입법부, 행정부, 사법부 외에도 전문화된 독립기관들이 각각의 기능을 수행한다. 

헌법재판소는 헌법에 따라 위헌법률심사권과 탄핵심판권 및 정당해산 결정권을 부여받고 있다. 대통령과 국회 그리고 대법원장이 각각 3명씩 선임하는 9명의 재판관으로 구성되며, 헌법재판소장은 재판관 중에서 국회의 동의를 얻어 대통령이 임명한다. 중앙선거관리위원회는 선거와 국민투표의 공정한 관리, 정당 및 정치 자금에 관한 사무를 처리한다. 위원은 특정 정당에 가입하거나 정치 활동을 할 수 없고, 임기는 6년이며 위원장은 위원 중에서 호선(互選)한다. 

국가인권위원회는 개인의 기본인권을 보호·증진해 인간으로서 존엄과 가치를 구현하도록 하는 역할을 수행한다. 과거 민주화 과정에서 나타난 인권 개선에 대한 국민의 열망을 반영해 2001년 11월 출범했다. 한국에 거주하거나 활동 중인 외국인이 받은 인권 침해와 차별 행위에도 그 권한이 미친다.